老根呈灰褐色。荔枝根系與真菌共生，形成菌根，為總狀分枝式。不同品種，樹表皮的色澤和糙度有差異。水東黑葉、大造等品種的樹干灰白色，表皮較光滑，黑葉、糯米糍、禾荔等品種，樹干黑褐色，表皮較粗糙。
荔枝樹樹體高大，百多年生的樹高16.0米以上，樹冠直徑15.0米以上，主干粗大。樹皮粗糙成微龜裂狀，但較龍眼光滑，灰白色、灰褐色或黑褐色。
荔枝枝梢的特性因品種而異。禾荔的枝條密而短；大造、水東疏而長；桂味硬而脆。荔枝新梢黃綠色，表皮著生許多灰白色的圓形或橢圓形的斑點；老熟的枝梢灰褐色；多年生枝條顏色較深。
