生物有機肥相比化肥的優(yōu)勢：生物有機肥營養(yǎng)元素；化肥營養(yǎng)元素只有一種或幾種。生物有機肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會造成土壤板結(jié)。生物有機肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。生物有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發(fā)生病蟲害。生物有機肥能促進(jìn)化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單使用易造成養(yǎng)分的固定和流失。

生物有機肥相比精制有機肥的優(yōu)勢：精制有機肥是畜禽糞便經(jīng)過烘干、粉碎后包裝出售的商品有機肥。生物有機肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機肥未經(jīng)腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現(xiàn)象。生物有機肥經(jīng)高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發(fā)生；精制有機肥未經(jīng)腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。
生物有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應(yīng)，減少病害發(fā)生；精制有機肥由于高溫烘干，殺死了里面的全部微生物。生物有機肥養(yǎng)分含量高；精制有機肥由于高溫處理，造成了養(yǎng)分損失。生物有機肥經(jīng)除臭，氣味輕，幾乎無臭；精制有機肥未經(jīng)除臭，返潮即出現(xiàn)惡臭。
生物有機肥營養(yǎng)元素，為作物提供全面的養(yǎng)分；生物有機肥有機質(zhì)含量高，能夠改良土壤，改善土壤理化性狀，增強土壤保水、保肥、供肥的能力，緩解長期使用化肥造成的土壤板結(jié)；生物有機肥中的有益微生物進(jìn)入土壤后與土壤中微生物形成相互間的共生增殖關(guān)系，抑制有害菌生長并轉(zhuǎn)化為有益菌，相互作用，相互促進(jìn)，起到群體的協(xié)同作用，有益菌在生長繁殖過程中產(chǎn)生大量的代謝產(chǎn)物，促使有機物的分解轉(zhuǎn)化，能直接或間接為作物提供多種營養(yǎng)和刺激性物質(zhì)，促進(jìn)和調(diào)控作物生長。
化肥使用越來越多，后導(dǎo)致了土壤板結(jié)，土壤透氣性、保水性差，土壤有機質(zhì)下降，肥力一年比一年降低。對土地起肥沃作用的蚯蚓也不見了，病蟲害明顯的增加，土傳病越來越嚴(yán)重，糧食品質(zhì)下降，特別是水果、蔬菜類也失去了自身的香味。
提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)、果品色澤鮮艷、個頭整齊、成熟集中，瓜類農(nóng)產(chǎn)品含糖量、維生素含量都有提高，口感好，有利于擴大出口，提高售價。改善作物農(nóng)藝性狀、使作物莖桿粗壯，葉色濃綠，開花提前，做果率高，果實商品性好，提早上市時間。