中國有機產品認證屬于產品認證的范疇，根據《中華人民共和國認證認可條例》、《有機產品認證管理辦法》（國家質量監(jiān)督檢驗檢疫總局2004年第67號令）和中國合格評定國家認可委員會相關認可準則CNAS—CC23：2006《〈產品認證機構通用要求〉有機產品認證的應用指南》的要求以及國際通行做法，有機認證程序一般都包括認證申請和受理（包括合同評審）、文件審核、現場檢查（包括必要的采樣分析）、編寫檢查報告、認證決定、證書發(fā)放和證后監(jiān)督等主要流程。
申請
申請者向中心（分中心）提出正式申請，填寫申請表和交納申請費。申請者填寫有機食品認證申請書，領取檢查合同、有機食品認證調查表、有機食品認證的基本要求、有機認證書面資料清單、申請者承諾書等文件。申請者按《有機食品認證技術準則》要求建立：質量管理體系；生產過程控制體系；追蹤體系。
認證中心核定費用預算并制定初步的檢查計劃
認證中心根據申請者提供的項目情況，估算檢查時間，一般需要2次檢查：生產過程一次、加工一次，并據此估算認證費用和制定初步檢查計劃。
簽訂認證檢查合同
l 申請者與認證中心簽訂認證檢查合同，一式三份；
l 交納估算認證費用的50%；
l 填寫有關情況調查表并準備相關材料；
l 指定內部檢查員（生產、加工各至少1人）；
l 所有材料均使用文件、電子文檔各一份，寄或E-mail給分中心。
有機生產投入品是指在有機生產過程中使用的肥料、農藥、飼料添加劑、養(yǎng)殖場所清潔消毒劑等物質，該類物質不包含在《GB/T 19630-2019 有機產品 生產、加工、標識與管理體系要求》附錄A、附錄B中。為了明確該類物質的組成成分、確定使用的風險，證明該類物質可以用于有機生產，需要進行有機投入品評估。
有機投入品評估產品認證條件
1．在工商行政管理部門登記注冊，具有獨立法人資格；
2．生產經營主體未列入國家信用信息嚴重失信主體相關名錄；
3．已取得相關法規(guī)規(guī)定的行政許可，如生產許可證（適用時）、肥料登記證（適用時）；
4．不使用轉基因產品和以轉基因原料加工的產品；
5．不使用化學合成原料，不采取化學合成工藝。
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