掃描電鏡在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用，主要應(yīng)用于細(xì)胞或組織樣本表面超微結(jié)構(gòu)的觀察分析，例如細(xì)胞表面結(jié)構(gòu)，氣管，腸道，皮膚、納米藥物、生物醫(yī)學(xué)材料、細(xì)菌、真菌等。

掃描電鏡可以研究巖土組成，構(gòu)造和堅(jiān)固性?？捎脕?lái)觀測(cè)宇宙塵，隕石及月巖等的形態(tài)特征，構(gòu)造，以便對(duì)推斷其成因和認(rèn)識(shí)寧宙提供了有效資料；可以對(duì)古微生物化石形態(tài)，排列方式進(jìn)行研究，對(duì)測(cè)定地質(zhì)年代及地層形成古地理環(huán)境等提供數(shù)據(jù)。

掃描電鏡結(jié)合能譜可以對(duì)出土的文物進(jìn)行無(wú)損的顯微結(jié)構(gòu)分析和化學(xué)成分鑒定。它可對(duì)金幣、銀幣和銅幣表面進(jìn)行分析，確定其金、銀和銅純度及含量，為分析當(dāng)時(shí)的鑄造工藝提供證據(jù)；可分析古字畫(huà)、窯胎釉所用顏料的種類(lèi)和配比。為進(jìn)一步判斷其來(lái)源和破解制備工藝提供參考；可分析織物，判定織物材質(zhì)，織法工藝，為織物的保護(hù)和修復(fù)提供有力幫助

掃描電鏡可用于觀察生物活性鈦材料和生物陶瓷材料以及這些材料經(jīng)過(guò)特殊處理后的表面形貌以及羥基磷灰石或細(xì)胞在這些材料表面的生長(zhǎng)情況。
此外，掃描電鏡還能用于觀察水凝膠的孔洞結(jié)構(gòu)，膠原的纖維結(jié)構(gòu)，人工骨的孔分布情況以及磁性生物顯影材料的尺度及包覆情況等，為改善合成工藝，制備性能的生物材料提供了依據(jù)。如圖6所示，顯示的是鈦片經(jīng)不同方法處理后在表面生長(zhǎng)羥基磷灰石的情況。

掃描電鏡的焦深比透射電子顯微鏡大10倍，比光學(xué)顯微鏡大數(shù)百倍。由于圖像景深大，因此掃描得出的電子像富有立體感，具有三維形態(tài)。相較于其他顯微鏡，能夠提供更多的信息。

在材料領(lǐng)域中，掃描電鏡技術(shù)發(fā)揮著極其重要的作用，被廣泛應(yīng)用于各種材料的形態(tài)結(jié)構(gòu)、界面狀況、損傷機(jī)制及材料性能預(yù)測(cè)等方面的研究。利用掃描電鏡可以直接研究晶體缺陷及其產(chǎn)生過(guò)程，可以觀察金屬材料內(nèi)部原子的集結(jié)方式和它們的真實(shí)邊界，也可以觀察在不同條件下邊界移動(dòng)的方式，還可以檢查晶體在表面機(jī)械加工中引起的損傷和輻射損傷等。

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