文件與實際操作脫節(jié)
編寫了繁瑣的文件程序，但未征求一線員工意見，導致文件規(guī)定無法操作或比現(xiàn)有做法更落后。員工不愿執(zhí)行，文件被束之高閣?；蛘呶募虏患皶r，與實際流程不符，失去其指導和規(guī)范作用。
跨部門溝通與協(xié)作壁壘
體系是系統(tǒng)性的，涉及所有部門。部門墻（Department Silos）是障礙，各部門只關注自身職責，缺乏全局觀和協(xié)同意識。例如，設計部門不考慮環(huán)保和安全，采購部門只追求忽略供應商質量和EHS表現(xiàn)，導致體系流程斷裂。
供應商與外包方管理的延伸控制
對供方和承包商的控制是薄弱環(huán)節(jié)。難以將體系要求（質量、環(huán)保、安全）有效傳遞給外部供方并施加影響。對其績效的監(jiān)控手段有限，評價結果未能有效用于供應商的再評價和選擇，導致外部輸入的風險失控。
對“績效”的監(jiān)控和測量維度單一
往往只監(jiān)控終結果指標（如產(chǎn)品合格率、事故率），而忽視了對關鍵過程參數(shù)的監(jiān)控（如工藝溫度、壓力、廢水處理PH值、安全巡檢完成率）。導致無法實現(xiàn)事前預防，只能在不良結果發(fā)生后進行糾正，管理滯后。
追求短期認證而非長期改進
組織目標急功近利，一切圍繞快速拿證展開。咨詢機構為迎合客戶，幫助企業(yè)編造記錄應付審核。認證后體系工作戛然而止，未能將體系作為持續(xù)改進的工具，違背了標準的根本宗旨，無法為組織帶來長期效益。
記錄管理的繁瑣與真實性
要求保留必要的記錄作為證據(jù)，但容易走向兩個極端：一是記錄過多，增加大量無效工作；二是記錄缺失或造假。如何設計恰到好處、便于填寫的記錄表格，并確保其填寫真實、及時、規(guī)范，是體系維護中的日常挑戰(zhàn)。
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