相互作用，相互促進(jìn)，起到群體的協(xié)同作用，有益菌在生長繁殖過程中產(chǎn)生大量的代謝產(chǎn)物，促使有機(jī)物的分解轉(zhuǎn)化。

能直接或間接為作物提供多種營養(yǎng)和刺激性物質(zhì)，促進(jìn)和調(diào)控作物生長。生物有機(jī)肥提高土壤孔隙度、通透交換性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及種群。

同時，在作物根系形成的優(yōu)勢有益菌群能抑制有害病原菌繁衍，增強(qiáng)作物抗逆抗病能力降低重茬作物的病情指數(shù)，連年施用可大大緩解連作障礙。
生物有機(jī)肥回收利用農(nóng)業(yè)廢棄物，減少環(huán)境污染，對人、畜、環(huán)境安全、，是一種環(huán)保型肥料。生物有機(jī)肥的生產(chǎn)原料很多，
生物有機(jī)肥的生產(chǎn)工藝主要是其中有機(jī)肥從生產(chǎn)原料到半成品的生產(chǎn)工藝。在生產(chǎn)上主要應(yīng)用的生產(chǎn)工藝有兩種，一種是平面條垛式堆肥工藝，一種是槽式好氧發(fā)酵工藝。此外，實(shí)驗(yàn)室小規(guī)模試制還有采用密封箱/罐式發(fā)酵。
包括：多種有機(jī)酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富的營養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營養(yǎng)，而且肥效長，可增加和更新土壤有機(jī)質(zhì)，促進(jìn)微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。
生物有機(jī)肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來源并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。生物有機(jī)肥相比化肥的優(yōu)勢生物有機(jī)肥營養(yǎng)元素；化肥營養(yǎng)元素只有一種或幾種。生物有機(jī)肥能夠改良土壤；化肥經(jīng)常使用會造成土壤板結(jié)。生物有機(jī)肥能提高產(chǎn)品品質(zhì)；化肥施用過多導(dǎo)致產(chǎn)品品質(zhì)低劣。
生物有機(jī)肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發(fā)生病蟲害。生物有機(jī)肥能促進(jìn)化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單使用易造成養(yǎng)分的固定和流失。生物有機(jī)肥相比精制有機(jī)肥的優(yōu)勢精制有機(jī)肥是畜禽糞便經(jīng)過烘干、粉碎后包裝出售的商品有機(jī)肥。生物有機(jī)肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機(jī)肥未經(jīng)腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，會引起燒苗現(xiàn)象。