農(nóng)業(yè)有機廢棄物包括農(nóng)業(yè)生產(chǎn)產(chǎn)生的各類農(nóng)作物秸稈，以及畜禽養(yǎng)殖產(chǎn)生的畜禽糞便等，處理難度較大，是環(huán)境治理的難題。將農(nóng)業(yè)有機廢棄物畜禽糞便、秸桿等作為可利用的資源進行好氧發(fā)酵 ，不僅可以解決農(nóng)業(yè)生產(chǎn)廢物對環(huán)境的污染問題，同時生產(chǎn)出來的有機肥可以帶來收益，實現(xiàn)了廢棄物的無害化、減量化、資源化，符合我國對環(huán)境保護和資源可持續(xù)利用的政策方針。

目前，國內(nèi)現(xiàn)有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術(shù)普遍存在著發(fā)酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環(huán)境產(chǎn)生嚴重影響。同時發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導(dǎo)致設(shè)備無法處理糞便的現(xiàn)象。發(fā)酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數(shù)量多。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環(huán)境，盡量保存在陰涼干燥處。
此外，在施用菌肥時，應(yīng)避免與農(nóng)藥等化學(xué)物質(zhì)混用，以免發(fā)生不良反應(yīng)。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態(tài)位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產(chǎn)生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結(jié)合，形成土壤團粒結(jié)構(gòu)，提高土壤蓄肥、保水能。

微生物菌的用量，目的是為了防治根結(jié)線蟲及其它病害，微生物用量加大了，可大大減少其它藥劑的用量，還可以改良土壤，為作物提供好的微生態(tài)環(huán)境，促進生根，增強作物長勢，提質(zhì)增產(chǎn)。中草藥制劑青枯立克具有結(jié)合的，含有的小檗堿、皂苷素類物質(zhì)可以直接殺死病原菌，含有的多糖、多肽等高能量物質(zhì)可以為其補充營養(yǎng)物質(zhì)，增強作物抗逆性，防病治病的同時，營養(yǎng)復(fù)壯作物，標本兼治。

生物菌肥是一種使用微生物菌群作為主要成分的有機肥料。它通過添加益生菌和有益微生物來改善土壤質(zhì)量和植物生長環(huán)境。 生物菌肥中的微生物菌群包括一些對植物生長有促進作用的細菌和真菌，例如固氮菌、磷解菌和有機物分解菌等。這些微生物能夠與植物根系共生，提供植物所需的養(yǎng)分，促進植物的生長和發(fā)育。