項(xiàng)目簡介
CLIP-seq, 又稱為HITS-CLIP，即紫外交聯(lián)沉淀結(jié)合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一項(xiàng)在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù)。其主要原理是基于RNA分子與RNA結(jié)合蛋白在紫外照射下發(fā)生耦聯(lián)，以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體沉淀之后，回收其中的RNA片段，經(jīng)添加接頭、RT-PCR等步驟，對這些分子進(jìn)行高通量測序，再經(jīng)生物信息學(xué)的分析和處理、總結(jié)，挖掘出其特定規(guī)律，從而深入揭示RNA結(jié)合蛋白與RNA分子的調(diào)控作用及其對生命的意義。
傳統(tǒng)的CLIP方需要利用進(jìn)行放射性同位素標(biāo)記示蹤，實(shí)驗(yàn)步驟較為復(fù)雜，嚴(yán)重限制了該方法的普及應(yīng)用。通過技術(shù)，表觀生物隆重推出新的紅外-CLIP-Seq（irCLIP-Seq）技術(shù)服務(wù)。irCLIP-Seq通過使用紅外熒光染料取代傳統(tǒng)放射性物質(zhì)標(biāo)記，并引入thermostable group II intron reverse transcriptase (TGIRT)用于cDNA合成，的提供實(shí)驗(yàn)效率，簡化實(shí)驗(yàn)流程。

實(shí)驗(yàn)流程


應(yīng)用范圍
RNA結(jié)合蛋白作用機(jī)制研究
lncRNA/circRNA功能機(jī)制研究
miRNA靶標(biāo)鑒定

送樣要求
1. 具備紫外交聯(lián)儀的，可以把細(xì)胞交聯(lián)收集好后通過干冰運(yùn)輸。
2. 不具備前期準(zhǔn)備條件的，需提供活細(xì)胞及配套培養(yǎng)基，常溫運(yùn)輸。如需進(jìn)行細(xì)胞前處理，請?zhí)峁┰敿?xì)說明和相關(guān)材料，并收取相應(yīng)處理費(fèi)用。細(xì)胞培養(yǎng)及收集需根據(jù)細(xì)胞類型不同而收取相應(yīng)費(fèi)用。

細(xì)胞數(shù)量
107

物種
人、大鼠、小鼠

測序模式
SE 50

測序數(shù)據(jù)量
20M-40M

生物信息分析內(nèi)容
1. 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)，對原始測序數(shù)據(jù)去接頭、去低質(zhì)量 reads、去污染；
2. CLIP 測序序列與參考基因組序列的比對，Reads在全轉(zhuǎn)錄組的分布；
3. Reads在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）附近的分布分析；
4. Reads在轉(zhuǎn)錄終止位點(diǎn)（TTS）附近的分布分析；
5. Reads在翻譯起始位點(diǎn)（Start codon）附近的分布分析；
6. Reads在翻譯終止位點(diǎn)（Stop codon）附近的分布分析；
7. 統(tǒng)計(jì) CLIP 測序數(shù)據(jù)富集區(qū)域 ( Peak ) 的信息；
8. Peak 相關(guān)基因篩選與 GO 功能聚類分析及KEGG生物通路富集分析；
9. 多個(gè)樣品的差異分析；
10. 結(jié)合峰的motif檢測。

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