進口原材料受天氣、國際市場變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機對國際生物燃料產(chǎn)生了直接影響。生產(chǎn)工藝不成熟。現(xiàn)有成熟工藝存在著燃料穩(wěn)定性不夠或潤滑性差等缺點。

產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應盡量不占用耕地和居民點用地，應采用能適應惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。